พ.ศ. 2458  โรงเรียนย้ายมาทำการที่อาคารเรียนหลังใหม่ มุมทุ่งศรีเมือง ด้านทิศตะวันออก (บริเวณโรงเรียนอนุบาลปัจจุบัน) เรียกอาคารใหม่ว่า “ตึกเหลือง” ประกอบพิธีเปิดวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2458 โดย จอมพลสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าจักรพงษ์ภูวนาถ  กรมหลวงพิษณุโลก ประชานาถ  และได้ประทานนามโรงเรียนว่า “โรงเรียนตัวอย่างประจำมณฑลอุบลราชธานี เบ็ญจะมะมหาราช” เพื่อเป็นอนุสรณ์ถวายแด่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 และได้โอนนักเรียนคฤหัสถ์จากโรงเรียนอุบลวิทยาคม มาเรียนที่โรงเรียนแห่งใหม่ โรงเรียนจึงถือวันที่ 28 กันยายน ของทุกปีเป็น “วันสถาปนาโรงเรียน”

พ.ศ. 2462-2474 โรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราชได้ขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6    ทำให้มีนักเรียนมากขึ้น จึงได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2475 ในบริเวณทิศตะวันตกของศาลากลางจังหวัดในปัจจุบัน เป็นอาคารไม้สองชั้น 20 ห้องเรียน  ทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2478 เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-6

• พ.ศ. 2489  เปิดสอนในระดับเตรียมอุดมศึกษา แผนกวิทยาศาสตร์
• พ.ศ. 2503  เริ่มใช้หลักสูตรมัธยมศึกษาตามแผนการศึกษาชาติ พุทธศักราช 2503
• พ.ศ. 2513  เข้าร่วมโครงการพัฒนาการศึกษาโรงเรียนมัธยมศึกษาแบบประสม แบบที่ 1 รุ่นที่ 4
• พ.ศ. 2516  ย้ายจากหลังศาลากลางจังหวัดไปอยู่ตำบลท่าวังหิน  ซึ่งเป็นที่ราชพัสดุ แปลงหมายเลข 1176  ในเนื้อที่ 150 ไร่ 15.9 ตารางวา  ตั้งอยู่เลขที่ 600 ถนนสรรพสิทธิ์ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี เปิดทำการเรียนการสอนในนาม “โรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราช” ตามเดิม

• พ.ศ.2527 ได้รับรางวัล “โรงเรียนพระราชทาน  ขนาดใหญ่พิเศษ ครั้งที่ 1”
• พ.ศ.2538 ได้รับรางวัล “โรงเรียนพระราชทาน  ขนาดใหญ่พิเศษ ครั้งที่ 2”
• พ.ศ.2543 เป็นโรงเรียนนำร่องการปฏิรูปการเรียนรู้ของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติและเข้าร่วมโครงการโอลิมปิกของศูนย์ สอวน. มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
• พ.ศ.2544 เป็นโรงเรียนผู้นำการใช้เทคโนโลยีเพื่อการเรียนรู้ของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติ เข้าร่วมโครงการโรงเรียนสีเขียวกับการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย และเป็นสมาชิกสภาผู้ปกครองและครูแห่งประเทศไทย
• พ.ศ.2545 เป็นโรงเรียนแกนนำการใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 และในวันที่ 17 ธันวาคม 2545 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จเปิดพระบรมราชานุสาวรีย์ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และอาคาร “สิรินธร”
• พ.ศ.2546 เป็นโรงเรียนแกนนำร่วมพัฒนาหลักสูตรคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์และคอมพิวเตอร์ ร่วมกับสถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และเป็นสมาชิกศูนย์ความเข้าใจอันดีระหว่างชาติ (CIU)
• พ.ศ.2547 ผ่านการประเมินคุณภาพภายนอกสถานศึกษา ระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน (รอบที่ 1) จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน)
• พ.ศ.2549 ได้รับรางวัล “โรงเรียนพระราชทาน ขนาดใหญ่พิเศษ ครั้งที่ 3”
• พ.ศ.2552 ผ่านการประเมินคุณภาพภายนอกสถานศึกษา ระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน (รอบที่ 2) จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน)  และเข้าร่วมโครงการโรงเรียนมาตรฐานสากลของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• พ.ศ.2553 ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนมาตรฐานสากล
• พ.ศ.2555 ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนที่มีศักยภาพสูง (Premiun School)
• พ.ศ.2556 ได้รับรางวัล “โรงเรียนพระราชทาน  ขนาดใหญ่พิเศษ ครั้งที่ 4”
• พ.ศ.2558 ผ่านการประเมินคุณภาพภายนอก ระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน รอบ 3 ด้วยผลการประเมินระดับ ดีมาก
• พ.ศ.2558 ได้รับรางวัลการบริหารจัดการศึกษาด้วยระบบคุณภาพตามเกณฑ์รางวัลคุณภาพแห่ง สพฐ. (OBECQA)